PsN 安装配置教程

什么是 PsN?

PsN 全称 Perl-speaks-NONMEM,由瑞典 Uppsala University, Pharmacometrics Research Group 开发,是一个常用的 NONMEM 计算插件库。

PsN 为 NONMEM 提供了 vpc, bootstrap, scm 等一系列模型诊断/分析工具,其功能完备,分析可重复,是强大的 NONMEM 辅助工具。

如何配置 PsN?

PsN 基于 Perl 语言对 NONMEM 结果输出文件进行读取,所以需要一个完整且包含数学计算库的 Perl 环境。

早期的 PsN 版本需要先安装配置一个 Perl 语言环境,为该环境安装计算专用库,然后在此基础上安装 PsN。最新版的 PsN 已经不需要进行如此繁琐的配置了,新版安装包中包括了一个包含数学计算功能的 Perl 运行环境,同样加入安装包的还有一系列独立的 R, Python, 和 Pandoc 环境,它们被用于其他分析语言与 NONMEM 的交互,以及 PsN 的自动化报告中。

PsN 的安装过程如下:

  1. 点击 此链接 下载 PsN 安装压缩包,建议解压缩到 C 盘根目录 (以下假设安装的版本为 PsN 5.2.6,解压路径为 C:\PsN-5.2.6)。

  2. 前往 PsN 官网 并阅读 PsN 安装说明。

  3. 打开 C:\PsN-5.2.6\strawberry\perl\site\lib\PsN_5_2_6\psn.conf。这是 PsN 的环境配置文件,我们需要在配置的 [nm_versions] 项中添加 NONMEM 的安装路径,这样 PsN 才能找到对应的 NONMEM 软件并与之交互。假设电脑安装的 NONMEM 版本为 7.4, 其安装路径为 C:\nm74g64,则我们需要在 psn.conf 文件中修改 NONMEM 安装路径为:

    [nm_versions]
    default=C:/nm74g64/,7.4
    nm74g64=C:/nm74g64/,7.4
  4. 保存并关闭 psn.conf。

  5. MaS 安装后第一次打开时,软件会弹出配置助手,可在其中配置 PsN 的 bin 目录(如果严格按照上述步骤配置,该路径为 "C:\PsN-5.2.6\strawberry\perl\bin"),在软件菜单项 "文件 > 全局设置" 的 "PsN" 设置页中可修改 bin 目录路径。

定量药理软件平台 MaS Studio (Beta) 发布